MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Bordetella bronchiseptica RB50 chromosome

Total Repeats: 142491

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_002927	TCG	2	6	29	34	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	33598994
2	NC_002927	TGG	2	6	36	41	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	33598994
3	NC_002927	TGC	2	6	98	103	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	33598994
4	NC_002927	G	6	6	154	159	0 %	0 %	100 %	0 %	33598994
5	NC_002927	GCG	2	6	200	205	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	33598994
6	NC_002927	CGA	2	6	222	227	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	33598994
7	NC_002927	CAG	2	6	364	369	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	33598994
8	NC_002927	GGT	2	6	402	407	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	33598994
9	NC_002927	GTG	2	6	451	456	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	33598994
10	NC_002927	GGGC	2	8	517	524	0 %	0 %	75 %	25 %	33598994
11	NC_002927	TCC	2	6	531	536	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	33598994
12	NC_002927	GCC	2	6	584	589	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	33598994
13	NC_002927	CGC	3	9	602	610	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	33598994
14	NC_002927	GACG	2	8	616	623	25 %	0 %	50 %	25 %	33598994
15	NC_002927	GT	3	6	638	643	0 %	50 %	50 %	0 %	33598994
16	NC_002927	AGC	2	6	650	655	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	33598994
17	NC_002927	CGCA	2	8	751	758	25 %	0 %	25 %	50 %	33598994
18	NC_002927	ATC	2	6	763	768	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	33598994
19	NC_002927	CATC	2	8	836	843	25 %	25 %	0 %	50 %	33598994
20	NC_002927	CCA	2	6	941	946	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	33598994
21	NC_002927	GCCT	2	8	947	954	0 %	25 %	25 %	50 %	33598994
22	NC_002927	TTC	2	6	1099	1104	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	33598994
23	NC_002927	GGC	3	9	1140	1148	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	33598994
24	NC_002927	CTG	2	6	1156	1161	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	33598994
25	NC_002927	GCC	2	6	1174	1179	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	33598994
26	NC_002927	CG	3	6	1259	1264	0 %	0 %	50 %	50 %	33598994
27	NC_002927	GCC	2	6	1358	1363	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	33598994
28	NC_002927	TGG	2	6	1373	1378	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	33598994
29	NC_002927	ACG	2	6	1379	1384	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	33598994
30	NC_002927	CG	3	6	1463	1468	0 %	0 %	50 %	50 %	33598994
31	NC_002927	GCC	2	6	1483	1488	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	33598994
32	NC_002927	CTG	2	6	1495	1500	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	33598994
33	NC_002927	GGCAA	2	10	1501	1510	40 %	0 %	40 %	20 %	33598994
34	NC_002927	CGA	2	6	1587	1592	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	33598994
35	NC_002927	GCTG	2	8	1602	1609	0 %	25 %	50 %	25 %	33598994
36	NC_002927	CG	3	6	1680	1685	0 %	0 %	50 %	50 %	33598994
37	NC_002927	AGC	3	9	1721	1729	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	33598994
38	NC_002927	ACG	2	6	1751	1756	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	33598994
39	NC_002927	CG	4	8	1827	1834	0 %	0 %	50 %	50 %	33598994
40	NC_002927	GCAA	2	8	1904	1911	50 %	0 %	25 %	25 %	33598994
41	NC_002927	CGG	2	6	1940	1945	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	33598995
42	NC_002927	GCCG	2	8	1988	1995	0 %	0 %	50 %	50 %	33598995
43	NC_002927	CAG	3	9	2004	2012	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	33598995
44	NC_002927	GCT	2	6	2015	2020	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	33598995
45	NC_002927	GCA	2	6	2099	2104	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	33598995
46	NC_002927	GTCG	2	8	2120	2127	0 %	25 %	50 %	25 %	33598995
47	NC_002927	GTG	2	6	2157	2162	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	33598995
48	NC_002927	CAT	2	6	2168	2173	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	33598995
49	NC_002927	GC	3	6	2174	2179	0 %	0 %	50 %	50 %	33598995
50	NC_002927	GAA	2	6	2213	2218	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	33598995
51	NC_002927	GC	3	6	2245	2250	0 %	0 %	50 %	50 %	33598995
52	NC_002927	GTG	2	6	2316	2321	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	33598995
53	NC_002927	GGCC	2	8	2363	2370	0 %	0 %	50 %	50 %	33598995
54	NC_002927	GGT	2	6	2385	2390	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	33598995
55	NC_002927	TCG	2	6	2395	2400	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	33598995
56	NC_002927	TGG	2	6	2482	2487	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	33598995
57	NC_002927	CCGC	2	8	2571	2578	0 %	0 %	25 %	75 %	33598996
58	NC_002927	GCG	2	6	2604	2609	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	33598996
59	NC_002927	ACC	3	9	2618	2626	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	33598996
60	NC_002927	CTGGC	2	10	2643	2652	0 %	20 %	40 %	40 %	33598996
61	NC_002927	AGC	2	6	2661	2666	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	33598996
62	NC_002927	TGC	2	6	2670	2675	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	33598996
63	NC_002927	TCGATC	2	12	2679	2690	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	33598996
64	NC_002927	CCA	2	6	2703	2708	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	33598996
65	NC_002927	CG	3	6	2787	2792	0 %	0 %	50 %	50 %	33598996
66	NC_002927	CGG	2	6	2806	2811	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	33598996
67	NC_002927	ACG	2	6	2814	2819	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	33598996
68	NC_002927	CGAGCG	2	12	2875	2886	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	33598996
69	NC_002927	GCC	2	6	2897	2902	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	33598996
70	NC_002927	GCCC	2	8	2946	2953	0 %	0 %	25 %	75 %	33598996
71	NC_002927	GCT	2	6	2962	2967	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	33598996
72	NC_002927	GCTG	2	8	2980	2987	0 %	25 %	50 %	25 %	33598996
73	NC_002927	TCA	2	6	3000	3005	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	33598996
74	NC_002927	CAA	2	6	3085	3090	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	33598996
75	NC_002927	TTG	2	6	3110	3115	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	33598996
76	NC_002927	GCA	3	9	3145	3153	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	33598996
77	NC_002927	CAC	2	6	3196	3201	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	33598996
78	NC_002927	GGT	2	6	3202	3207	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	33598996
79	NC_002927	GTG	2	6	3257	3262	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	33598996
80	NC_002927	CG	3	6	3269	3274	0 %	0 %	50 %	50 %	33598996
81	NC_002927	CG	3	6	3276	3281	0 %	0 %	50 %	50 %	33598996
82	NC_002927	GC	3	6	3282	3287	0 %	0 %	50 %	50 %	33598996
83	NC_002927	TGCT	2	8	3360	3367	0 %	50 %	25 %	25 %	33598997
84	NC_002927	GCC	2	6	3374	3379	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	33598997
85	NC_002927	GGGAG	2	10	3397	3406	20 %	0 %	80 %	0 %	33598997
86	NC_002927	GC	3	6	3410	3415	0 %	0 %	50 %	50 %	33598997
87	NC_002927	GGC	2	6	3424	3429	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	33598997
88	NC_002927	CCA	2	6	3438	3443	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	33598997
89	NC_002927	GC	5	10	3505	3514	0 %	0 %	50 %	50 %	33598997
90	NC_002927	TCG	2	6	3669	3674	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	33598997
91	NC_002927	GGC	2	6	3697	3702	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	33598997
92	NC_002927	CGT	2	6	3706	3711	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	33598997
93	NC_002927	ACG	2	6	3801	3806	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	33598997
94	NC_002927	GC	3	6	3830	3835	0 %	0 %	50 %	50 %	33598997
95	NC_002927	GGC	2	6	3841	3846	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	33598997
96	NC_002927	GCT	2	6	3865	3870	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	33598997
97	NC_002927	GCG	2	6	3885	3890	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	33598997
98	NC_002927	GGC	2	6	3910	3915	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	33598997
99	NC_002927	CGC	2	6	3957	3962	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	33598997
100	NC_002927	GCG	2	6	3964	3969	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	33598997
101	NC_002927	GCG	2	6	3981	3986	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	33598997
102	NC_002927	CGG	2	6	3987	3992	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	33598997
103	NC_002927	GCCA	2	8	4016	4023	25 %	0 %	25 %	50 %	33598997
104	NC_002927	GC	4	8	4029	4036	0 %	0 %	50 %	50 %	33598997
105	NC_002927	GCC	2	6	4070	4075	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	33598997
106	NC_002927	ACA	2	6	4273	4278	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	33598998
107	NC_002927	CCG	2	6	4311	4316	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	33598998
108	NC_002927	CCTG	2	8	4322	4329	0 %	25 %	25 %	50 %	33598998
109	NC_002927	GC	3	6	4340	4345	0 %	0 %	50 %	50 %	33598998
110	NC_002927	CGCGCA	2	12	4360	4371	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	33598998
111	NC_002927	GC	3	6	4381	4386	0 %	0 %	50 %	50 %	33598998
112	NC_002927	CAT	2	6	4421	4426	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	33598998
113	NC_002927	GTGC	2	8	4440	4447	0 %	25 %	50 %	25 %	33598998
114	NC_002927	ATC	2	6	4479	4484	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	33598998
115	NC_002927	CG	3	6	4503	4508	0 %	0 %	50 %	50 %	33598998
116	NC_002927	GGCC	2	8	4517	4524	0 %	0 %	50 %	50 %	33598998
117	NC_002927	AAG	2	6	4528	4533	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	33598998
118	NC_002927	CGA	2	6	4559	4564	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	33598998
119	NC_002927	CGC	2	6	4568	4573	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	33598998
120	NC_002927	CGC	2	6	4641	4646	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	33598998
121	NC_002927	CGA	2	6	4652	4657	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	33598998
122	NC_002927	GCC	2	6	4680	4685	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	33598998
123	NC_002927	CCA	2	6	4711	4716	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	33598998
124	NC_002927	CTG	2	6	4722	4727	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	33598998
125	NC_002927	TGC	2	6	4762	4767	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	33598998
126	NC_002927	GGCG	2	8	4769	4776	0 %	0 %	75 %	25 %	33598998
127	NC_002927	GCC	2	6	4818	4823	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	33598998
128	NC_002927	CG	3	6	4892	4897	0 %	0 %	50 %	50 %	33598998
129	NC_002927	CGC	2	6	4916	4921	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	33598998
130	NC_002927	AAG	2	6	4929	4934	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	33598998
131	NC_002927	CG	3	6	4948	4953	0 %	0 %	50 %	50 %	33598998
132	NC_002927	ATC	2	6	4984	4989	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	33598998
133	NC_002927	CG	3	6	4996	5001	0 %	0 %	50 %	50 %	33598998
134	NC_002927	GCT	2	6	5075	5080	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	33598998
135	NC_002927	CGG	2	6	5151	5156	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	33598999
136	NC_002927	GC	3	6	5168	5173	0 %	0 %	50 %	50 %	33598999
137	NC_002927	GCG	2	6	5189	5194	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	33598999
138	NC_002927	GGC	2	6	5232	5237	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	33598999
139	NC_002927	GGCC	2	8	5250	5257	0 %	0 %	50 %	50 %	33598999
140	NC_002927	GC	3	6	5260	5265	0 %	0 %	50 %	50 %	33598999
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142	NC_002927	GC	3	6	5337	5342	0 %	0 %	50 %	50 %	33598999
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262	NC_002927	TGG	2	6	11244	11249	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	33599006
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264	NC_002927	TGC	2	6	11294	11299	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	33599006
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